化学性质：亮黄色结晶或结晶性粉末。无臭，味极苦。易溶于沸水，难溶于冷水，不溶于乙醇、乙醚和氯仿。

性状与热稳定性：为黄色结晶性粉末（游离小檗碱为黄色针状结晶），无臭，味极苦。游离小檗碱加热至 110℃变为黄棕色，

密度与熔点：密度约为 1.654g/cm³；熔点约 200-220℃（分解），部分研究报道为 204-206℃。

溶解性：具有明显温度依赖性，易溶于沸水（100℃），微溶于冷水（25℃），几乎不溶于冷乙醇、氯仿和乙醚；游离小檗碱易溶于热水或热乙醇，冷乙醇中溶解度小。

碱性：属季铵型生物碱，强碱性，pKa 约 11.50。

互变异构：水溶液为红棕色，加过量强碱会发生互变异构。