云芝含丰富的蛋白质、脂肪、多糖、多糖肽、葡聚糖、木质素、氨基酸和多种无机盐等物质以及蛋白酶、过氧化酶、淀粉酶、虫漆酶以及革酶等多种酶类。

1.甾体类物质：目前从云芝中分离得到5个甾体类化合物,分别为麦角甾醇-7,22-二烯-3β-棕榈酸酯、麦角甾醇-7,22-二烯-3β-醇、麦角甾醇-7-烯-3β,5α,6β-三醇、麦角甾醇-7,22-二烯-3β,5α,6β-三醇、麦角甾醇过氧化物。

2.三萜类化合物：从云芝中分离得到白桦脂酸这一萜类化合物。

3.有机酸：目前从云芝中分离得到6种有机酸,分别是4-羟基苯甲酸、3-甲氧基-4-羟基苯甲酸、3,5-二甲氧基-4-羟基苯甲酸、2-呋喃酸、烟酸和草酸。

4.生物碱：从云芝中分离得到生物碱:2-氰乙基甲酰胺。

5.葡糖醇：云芝中含2,3,4,6-四-O-甲基、2,4,6-三氯乙烯-O-甲基、2,Chemicalbook3,4-三氯乙烯-O-甲基、2,3,6-三氯乙烯-O-甲基、2,4-二氯苯磺胺-O-甲基、2,3-二氯苯磺胺-O-甲基-D-葡糖醇6个小分子物质。

6.蛋白质类：云芝含草酸盐脱羧酶、血蛋白、胞外过氧化物酶、漆酶、多酚氧化酶、木质素过氧化物酶、聚半乳糖醛酸酶、超氧化物歧化酶8种蛋白质类化合物。

7.酯类化合物：从云芝中分离得到了1,2,3-三油酸甘油酯。

8.糖肽类：云芝糖肽是一种含有多肽的真菌多糖,其多糖部分可水解成半乳糖、葡萄糖、甘露糖、木糖和阿拉伯糖5种单糖；其多肽部分由天门冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸等为主的18种氨基酸组成。云芝糖肽是由α(1→4)与β(1→3)糖苷键组成的葡聚糖。云芝糖肽的单糖组成及摩尔比为n(葡萄糖)∶n(D-甘露糖)∶n(半乳糖)∶n(木糖)=1∶0.0074∶0.0067∶0.0178,并含有15%蛋白质。